截至29日上午8時30分，首相高市早苗透露，與震災相關聯的死亡人數可能達13人。
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日本熊本縣28日當地時間下午4時27分發生規模7.1強震，震源深度僅16公里，震央位於熊本縣，日本氣象廳觀測到最大震度為7級，這是日本繼2024年能登半島地震，再次出現震度7級的強震，鄰近熊本的長崎、鹿兒島也觀測到最大震度5強。日本氣象廳亦發布海嘯警報。
目前災情包含熊本城部分石牆崩塌、九州高速公路扭曲龜裂、九州新幹線全面停駛，目前有4.3萬戶家庭斷電，縣內26家醫療機構通報受損。而位於嘉島町的大型購物中心「永旺夢樂城熊本」（Aeon Mall Kumamoto）疑似瓦斯外洩大爆炸，已知有3人死亡，至少50人受傷。NHK報導，截至29日上午8時30分，首相高市早苗透露與震災相關聯的死亡人數可能達13人。
永旺熊本購物中心爆炸化作瓦礫堆
熊本強震發生後，永旺熊本購物中心即發生爆炸，NHK透過直升機空拍，建築外牆嚴重崩落，鋼骨結構清晰可見。一名在購物中心附近的計程車司機表示，他聽見一聲巨響，接著看到建築外牆被炸飛，部分牆體碎片還擊中附近一輛汽車。爆炸威力相當猛烈，恰好有行車記錄器拍攝到建材爆炸噴飛驚悚瞬間，大量白色煙霧猛烈噴出，幸好駕駛無礙。
據永旺中心與熊本縣府向路透社表示，地震發生後，店員隨即引導約200名顧客安全撤離至戶外。約一小時後商場發生爆炸，多名目擊者稱爆炸前聞到強烈瓦斯味。原先警方掌握商場內約20至30人受困失聯，應為商場工作人員。警消漏夜展開搜救，截至29日中午證實，已有3名女性死亡，另有5人受傷。目前現場仍有9人下落不明，警消與自衛隊持續全力開挖搜救。
現場搜救人員指出，初步研判疑為強震導致餐飲店設備受損、引發瓦斯外洩釀成爆炸，具體爆炸原因仍待後續深入調查。防衛大臣小泉進次郎29日表示，自衛隊派遣規模由3600人增至4600人，其中170人投入永旺商場的救援。
路透社報導，「永旺夢樂城熊本」在2016年4月熊本規模7.3強震中就曾受到嚴重破壞，不僅被迫停業數個月，後續重建工程更耗費多年時間。 2017年商場展開改建工程，特別強調建築已採用耐震補強天花板等設計，並全面提升整體安全性與防災韌性。
路透社指出，在日本許多中小型城市，連鎖永旺購物中心往往是當地最熱鬧的購物、餐飲與娛樂中心，與社區民眾生活緊密，如2016年熊本地震發生後，商場內的一家超市曾將飯糰以每個10日圓的價格販售，希望減輕受災民眾的生活負擔，展現鄰里互助精神。2026年6月才全面改裝並重新開幕的永旺購物中心，卻又再遭受重創，不只影響商場內200多間商家和一座電影院，重創當地民生消費，也讓許多喜愛赴日旅遊的外國民眾頗為唏噓。
八代市造紙廠 「煙囪斷頭倒塌」
熊本縣八代市日本製紙八代工廠亦傳出嚴重災情，共有11人受困，已知2人無呼吸心跳，其餘9人仍下落不明，消防隊員向朝日新聞表示，他們自29日凌晨2點開始就在現場待命，「我們現在正等待下一步指示，但希望能夠早一秒鐘把受困者救出來。」
文化資產方面，逾400年歷史的熊本城因2016年強震多處城牆石垣及屋瓦崩落，當地啟動修復計畫，總體修復費用逾600億日圓，好不容易在2021年，將大、小天守（防禦塔樓）陸續修復完成，並正式開放遊客參觀，如今卻又再次遭到強震損及外圍石牆。
根據熊本城綜合事務所表示，目前已確認城內共有28處石垣發生崩落，其中，西出丸塔樓的西側損毀最為嚴重，有大規模坍塌。此外，天守閣也有3處土牆出現裂縫，所幸本體沒有倒榻，但安全起見，熊本城已立即休園，等待詳細檢查。
位於熊本縣八代市妙見町、被指定為重要文化財的八代神社（又稱妙見宮）則在地震中神社大門倒塌，屋瓦散落四處，境內道路也因地殼變動而隆起，呈現波浪般起伏。
神社神職人員小林雄彥向朝日新聞表示，神社境內原本就有一條斷層通過，並指出在神社境內行走時，可以清楚看到沿著斷層所在位置，出現了一條筆直延伸的裂縫，地面也明顯隆起，「就連10年前的熊本地震，也沒有造成如此嚴重的災情。從神社保存至今的紀錄中，也從未出現過像這次這樣的破壞。」
餘震不斷，專家示警可能僅為前震
日本氣象廳已將這次地震命名為「令和8年熊本地震」。共同社報導，根據日本國土地理院分析，地震發生時，在熊本縣八代市觀測到最大約20260728kumamoto.html?ref=theinitium.com">84公分的地表位移。國土地理院指出，「84公分可說是相當大的地殼變動」。
日本專家指出，此次是一場內陸活斷層地震，震央周邊有布田川、日奈久兩條斷層帶，2016年兩度錄得震度7的熊本地震，就發生在這裡。東京大學教授加藤愛太郎推測，這次是「2016年沒有完全破裂、殘留下來的斷層段錯動」。京都大學名譽教授入倉孝次郎判斷主要活動的是日奈久斷層帶，並提醒兩條斷層鄰近，可能連動。「可能像十年前那樣，前震之後才來本震」。
熊本於28日下午發生地震後，三分鐘內，又發生15起地震。日本氣象廳呼籲，此次搖晃劇烈的區域，在未來一週、特別是2至3天內，要留意最大震度7程度的地震，搖晃程度可能比這次更強。
台灣方面的解讀不同。台大地質系教授陳文山向《聯合報》表示，熊本震央位於南海海槽範圍，該區強震週期約百年，上次大規模作動是1946年的昭和南海地震，「現在週期已到」。不過這次地震發生在深度10至16公里的地殼內，與南海海槽板塊交界處的隱沒帶地震機制不同，日本氣象廳也未就此發布任何南海海槽相關情報。
正值暑假期間，旅日的台灣遊客相當多，台灣中央氣象局地震測報中心前主任郭鎧紋建議，若接下來幾天有旅行規畫，最好先暫緩。他解釋，熊本、大分及阿蘇火山剛好位在地塹的張裂帶，2016年熊本主震後曾又發生2起震度7以上強震，餘震一直往阿蘇火山的方向移動，所以需要密切關注阿蘇火山的狀況。